いろいろ試していたら、AFの設定のままでMFする方法があったのでメモ。
まず、ボタンカスタマイズで「動画サーボAF一時停止」と「AF停止」を割り当てます。
私の場合は、「AF-ON」ボタンに「動画サーボAF一時停止」を割り当て、
「M-Fn」ボタンに「AF停止」を割り当てました。
これで動画撮影を開始します。
マニュアルでフォーカスを合わせたくなったら、「AF-ON(動画サーボAF一時停止)」ボタンを押します。
そして「M-Fn(AF停止)」ボタンを押しながら、フォーカスリングを回すとマニュアルフォーカスできます。
これで「撮影中に AF/MF を切り替えられない」制限をある程度解決できます。
動画サーボAFを一時停止しなくても、AF停止ボタンを押している間はフォーカスを動かせるので、動物園などで手前の柵にピントが合ってしまい奥に行かないというときに、AF停止を押しながらフォーカスを奥に移動して離せば、柵をの奥にAFでピントを合わせられると思います。(試してないけどw)